测序服务
服务清单
先进技术基因组学核心(ATGC)提供几种测序服务，包括:
- Illumina下一代测序
- 基于Sanger的DNA测序
- 基于Sanger的基因重测序
- 单细胞分析
在下面了解更多关于这些服务的信息。
Illumina下一代测序
ATGC提供完整的下一代测序服务。研究人员向该设施提供基因组DNA、总RNA或芯片DNA（取决于申请），该设施提供完整的样本处理。
NGS服务包括：
1。项目咨询和一名设施代表和MDACC生物信息学家的预算规划。
2。图书馆准备：NGS库由表示整个样本的随机片段组成。它是通过将DNA剪切到150-400个基片来创建的。将这些片段连接到特定适配器。然后选择适当尺寸的图书馆片段（尺寸为依赖性）和分离。在样品清理步骤之后，通过QPCR量化所得库并使用安静挂毯检查质量。ATGC使用EPPENDORF ENPMOTION 5075和安捷伦BRAVO液体处理程序具有自动化图书馆准备。
3.集群生成:文库片段通过将片段杂交到与适配器序列互补的寡核苷酸簇上，与流动细胞结合。结合片段通过桥扩增进行克隆扩增，以产生数百万个密集的克隆簇。在Illumina cBOT仪器的封闭环境中生成簇。群集生成发生在NovaSeq 6000、NextSeq 500和iSeq 100仪器上的仪器上。
4.Illumina公司测序:在流动细胞上测序采用Illumina的依赖依赖逐合成化学化学化学。该化学利用两种（NovaseQ6000，NextSeq500）或四（Hiseq4000和Miseq）可逆终止子核苷酸，每个核苷酸具有化学封端的羟基。为了开始测序，引物在流动细胞上与单链，共价结合的模板杂交。然后将荧光标记的核苷酸流过流动池。在链延伸期间，荧光核苷酸竞争掺入生长的DNA链中。单个互补核苷酸掺入每个DNA中，终止链，并产生数百万DNA簇的同时施用。掺入的核苷酸通过激光激发，并发出它们的特征荧光（或缺乏荧光）。检测该荧光并记录在成像步骤中。在基础检测之后，荧光染料被切割，3'羟基块化学反转，允许链延伸继续。这重复36到36次，产生一系列图像。
5.数据分析:生成的原始数据被成像，并在序列分析开始前进行基调用。生成的序列被解复用，与参考基因组对齐，并转移到机构服务器，MDACC生物仿制学家在那里访问序列数据。数据分析是与来自生物信息系的教员合作进行的。
ATGC提供免费的NGS项目咨询。
联系Erika Thompson.ejthomps@mdanderson.org要做个预约
| 流池类型及周期# | 数量的车道 | 运行选项 | 约。PF集群(M) | 估计产量（Gb）* | MDACC价格* * |
|---|---|---|---|---|---|
| s - ' - 500 | 1 | 2 * | 650 - 800 | 325-400. | 6947美元 |
| S-Prime-500 XP | 2 | 2 * | 325-400. | 162-200 | 3,633美元 |
| s - ' - 300 |
1 | 2 x150 | 650 - 800 | 200-250 | $ 5,095 |
| S-Prime-300 Xp | 2 | 2 x150 | 325-400. | 100 - 125 | 2781美元 |
| s - ' - 100 |
1 | 1 x100, 2×50,26 x91x8 | 650 - 800 | 65-80. | 3180美元 |
| s - ' - 100 Xp | 2 | 1 x100, 2×50,26 x91x8 | 325-400. | 32-40 | 1751美元 |
| s1 - 300 | 1 | 2 x150 | 1300 - 1600 | 400-500. | 7829美元 |
| S1-300 Xp | 2 | 2 x150 | 650 - 800 | 200-250 | 4081美元 |
| S1-200 | 1 | 2 x100 | 1300 - 1600 | 266-333. | 7,164美元 |
| S1-200 XP. | 2 | 2 x100 | 650 - 800 | 133 - 166 | $ 3,748 |
| S1-100 | 1 | 1 x100, 2×50,26 x91 或28x91 |
1300 - 1600 | 134-167 | $ 5,590 |
| s1 - 100 Xp | 2 | 1 x100, 2×50,26 x91 或28x91 |
650 - 800 | 67-83 | 2962美元 |
| s2 - 300 | 1 | 2 x150 | 3300-4100 | 1000-1250 | 13285美元 |
| S2-300 XP. | 2 | 2 x150 | 1650 - 2050 | 500 - 625 | 6809美元 |
| s2 - 200 | 1 | 2 x200型 | 3300-4100 | 667 - 833 | 12142美元 |
| s2 - 200 Xp | 2 | 2 x100 | 1650 - 2050 | 333-416 | $6,232 |
| s2 - 100 | 1 | 1 x100, 2×50,26 x91 或28x91 |
3300-4100 | 333-417 | 9718美元 |
| s2 - 100 Xp | 2 | 1 x100, 2×50,26 x91 或28x91 |
1650 - 2050 | 166-208 | 5,026美元 |
| s4 - 300 | 1 | 2 x150 | 8000 - 10000 | 2400-3000. | 19134美元 |
| S4-300 XP. | 4 | 2 x150 | 2000 - 2500 | 600-750. | 5248美元 |
| s4 - 200 | 1 | 2 x100 | 8000 - 10000 | 1600 - 2000 | 16462美元 |
| S4 200 XP. | 4 | 2 x100 | 2000 - 2500 | 400-500. | 4367美元 |
* ATGC不保证调查员准备的图书馆的输出
* *请参阅价格单用于当前外部或GCC定价。
HiSeq4000-Illumina Hiseq4000是一款中等吞吐量的测序仪，由两个八车道的流动单元组成。流动池可以独立运行，也可以并联运行。每个流量的最大输出为每次运行750 Gb，或每150 bp成对端车道93.75 Gb。
| 读取长度 | 每车道估计产量 | 每条车道的价格* |
|---|---|---|
| 50单读 | 13.1 GB. | 1272美元 |
| 75个基点配对结束 | 40.63 Gb | 2120美元 |
*请参阅价格单用于当前外部或GCC定价。
nextseq500-Illumina NextSeq 500系统是唯一的台式下一代测序(NGS)系统，能够在一次运行中对30倍人类基因组进行测序。两种流池格式和多种试剂配置，可在一次运行中输出20 - 120gb的数据，在广泛的应用中提供灵活性。它有一个简单的工作流程和快速运行时间，使快速测序外显子组，转录组和整个基因组。NextSeq 500音序器在高输出配置中生成多达4亿簇通过过滤器(高达120gb)，在中输出配置中生成多达1.3亿簇通过过滤器(高达40gb)。
| NextSeq500 Sequencing-per运行 | 每次运行的估计产量 | 每次运行大约SE读数 | MD安德森价格* |
|---|---|---|---|
| 高输出 | |||
| 75SR | 25 - 30 Gb | 4亿年 | 1839美元 |
| 75年体育 | 50 - 60 Gb | 4亿年 | $ 3,271 |
| 150年体育 | 100-120 GB. | 4亿年 | 4934美元 |
| Mid-Output | |||
| 75年体育 | 16-19 Gb | 1.3亿年 | 1415美元 |
| 150年体育 | 35-39 Gb | 1.3亿年 | $2,099 |
*请参阅价格单用于当前外部或GCC定价。
米塞克Illumina MiSeq是一款低输出测序器，每次仪器运行可生成高达15gb的数据。它在Illumina的序列中具有最长的读取长度，每300个bp的配对端运行产生多达600个碱基。在这个单一的样本平台上，各种流单元和读取长度提供了灵活性。
| 流动细胞类型 | 最大输出 | 每次运行大约SE读数 | MD安德森价格* |
|---|---|---|---|
| Miseq150 V3 | 3.8 Gb | 20 - 2500万 | 1138美元 |
| MiSeq600 V3 | 15 GB. | 20 - 2500万 | 1850美元 |
| MiSeq300 V2 | 4.5-5 GB. | 10 - 15几百万 | 1296美元 |
| miseq500 v2 | 7.5-8 Gb | 10 - 15几百万 | 1485美元 |
*请参阅当前的外部或GCC价格列表。
总会在应用程序
转录组分析
转录组分析可以是定量（基因表达分析）和/或定性（转录物发现，剪接变体鉴定，编码SNP验证，基因融合）。ATGC为转录组分析提供了几种选择。样品制备方法的选择基于样本质量，数量和调查员的实验目标。
核糖核酸 应用程序 |
|||
|---|---|---|---|
| 应用程序 | FFPE兼容 | 链特异性 | 应用笔记 |
| RNA外显子组（RNA访问） | 是的 | 是的 | 用于FFPE样品的人mRNA-SEQ-从总RNA中生成cDNA，然后捕获外显子区。该协议是优化的RNA测序从降解或FFPE样本和样本与有限的起始材料。RNA-Access能够发现新的特征，如可变剪接、融合转录本、编码剪接变异和定量基因表达分析。基于捕获的方法覆盖了RefSeq外显子组的98.3%。仅限人类 |
| 困mRNA-Seq | 不 | 是的 | 使用基于Oligo DT基于富集的聚合物富集，然后使用随机和寡聚DT引发。序列生成映射到基因组的编码区域。 应用程序:基因表达定量、融合、剪接变异体-仅限Poly A转录本 |
| 困总RNA-Seq |
是的 | 是的 | 此处进行RRNA耗尽（无聚类富集），然后使用寡核酸-D（T）和随机六聚体的cDNA合成。该方法允许测序mRNA和非聚腺苷酸化RNA，包括组蛋白MRNA，CAJAL体的前体相关的CAJAL体相关的小RNA和LNCRNA。序列地图到外显子和非基区。 应用程序:基因表达,lncRNA。更完整的转录组与Poly A和非Poly A转录本 |
| 低投入mRNA-Seq |
不 |
不 |
mRNA - SEQ具有良好的质量样品，具有<100ng总RNA |
| 低输入总RNA序列 | 是的 | 是的 | 具有<100ng总RNA的样品的总RNA-SEQ |
| 小rna测序，包括miRNA-Seq | 是的 |
不 |
miRNA表达量化。该协议将独特的分子条形码(UMIs)集成到逆转录反应中，使成熟mirna的无偏和准确的mirnome范围定量。UMIs需要75SR测序。 |
| 细胞受体a / b剖析 | 不 | 不 | TCR和β靶向测序 |
| RNA捕获 | 自定义应用程序 | ||
| RIP-Seq | 不 | 不 | 调查员提供免疫沉淀的RNA |
注意:链特异性保护链信息。链特异性可以用来识别反义转录本，确定非编码rna的转录链，并可能有助于确定重叠基因的边界。
| DNA的应用程序 | ||
|---|---|---|
| 应用程序 | FFPE兼容 | 应用笔记 |
| 安捷伦外显子组V7 | 是的 | SureSelect人类全外显子v7是一个综合外显子组，使用最新版本的RefSeq（99.3%覆盖率）、GENCODE（99.6%覆盖率）、CCD（99.6%覆盖率）和UCSC已知基因（99.6%覆盖率）设计。设计大小：48.2MB |
| 安捷伦临床研究外显子组188bet体育网址 | 是的 | SureSelect临床研究Exome V2是一188bet体育网址个全面的医学外壳，整体封面覆盖，增强了与疾病相关的基因的覆盖率，增加了HGMD，OMIM，Clinvar和ACMG目标的覆盖率。相关的基因列表包括基因名称和疾病相关性的证据。设计尺寸：67.3 MB |
| T200.1面板 | 是的 | 263基因实体瘤面板。涵盖了所有外显子。 |
| 芯片SEQ. | NA | 用于鉴定基因组和特定细胞类型中的转录因子（蛋白质）结合位点。研究者进行染色质IP，并将抗体捕获DNA与ATGC提供。图书馆需要至少10ng的免疫沉淀的DNA。最大大小为500bp。富集应为10倍或更大。需要“输入”DNA进行分析比较。 |
| 有针对性的Captur.e | 是的 | 自定义应用程序。选择性地丰富和序列调查员定义的感兴趣区域。ATGC使用基于杂交的捕获探针和基于扩增子的富集方法（Illumina，Haloplex和Qiagen设计）提供定制靶向捕获。该设施库存T200.1面板。 |
| 全基因组seq | 不 | 人，小鼠，大鼠，酵母，猴子，病毒，细菌和其他基因组。对于癌症研究中的应用，ATGC提供匹配肿瘤和正常样品的188bet体育网址测序。 |
开始
项目咨询
ATGC与一名NGS专家和一名MD Anderson教授生物信息学家一起提供预算规划、技术咨询和项目规划。我们强烈建议首次使用大型项目的NGS服务用户和调查人员在项目启动前安排一次会议。如需安排咨询会议，请与Erika Thompson联系ejthomps@mdanderson.org．
样品提交
所有样本必须附有一份完整的样本提交表格。样品提交要求(最小数量和推荐序列长度)因服务和样品类型而异。
数据分析
生物信息学教员的合作者
- 小平苏,博士学位。
提交表格
NGSsubmissions@mdanderson.org
Sanger-based DNA测序
ATGC提供单链或双链DNA测序，从纯化质粒，PCR产物和BACs。测序主要在ABI 3730XL和3730 DNA测序仪上进行，使用大染料终止循环测序化学。该设备对所有样品进行量化，进行测序反应、清洗和毛细管电泳，分析数据，并以文本文件和色谱图的形式提供序列。
查看我们的服务定价时间表有关DNA测序定价的更多信息。
周转时间：24-48小时（工作日）
当我们的样本量非常大、需要特殊条件以及遇到仪器问题时，可能会出现较长的周转时间。
提交DNA指引
样本提交要求
质粒浓度必须为100纳克/微升。每个反应提交10µl。自定义底漆的浓度必须为1 pmol/µl。每个反应提交10µl。DNA和引物必须装在0.5毫升的Eppendorf试管中提交，试管的侧面和顶部写有样品名称。BAC DNA应以500 ng/µl的浓度提交，引物应以25 pmol/µl的浓度提交。对于小于1 kb的产品，应以20 ng/µl的最低浓度提交PCR产品。1 kb或以上的产品应以30纳克/微升的速度提交。每个反应提交10µl
DNA定量
提交给工厂的所有DNA都需要准确量化。我们建议使用定量DNA梯架在琼脂糖凝胶上目视测定DNA质量和数量。或者，DNA浓度可以用荧光法测定。由于RNA、蛋白质、细菌基因组DNA和其他污染物的存在，使用分光光度计测定的DNA浓度通常人为偏高。
注:低DNA浓度是导致序列质量差和反应失败的最常见原因。然而，过多的DNA可能和过少的DNA一样有害。太多模板的存在会导致头重脚轻的数据(开始时有很强的峰值，但很快就会消失)、上拉峰值(出现在正确峰值以下的非特定峰值)和峰值分辨率的损失。此外，它缩短了我们毛细血管的寿命。
自定义测序底漆设计指南
- 热循环条件:变性步骤将反应混合物加热到96°C。退火步骤将反应混合物冷却到55°C，聚合步骤在60°C扩展。底漆的退火温度必须在56°C或更高。
- 底漆长度至少为20- 25米。GC含量应达到50%或以上。
- 底漆应设计有紧密结合的3'末端。
- 当设计底漆时，不要选择距离感兴趣区域近50个碱基的区域。
- PCR反应的引物在自动测序中往往很有效。
由ATGC提供的测序引物
该设施目前免费提供以下引物:
- coreT3:CCT cac taa agg gaa caa aag c
- coreT7:Taa tac gac tca cta tag GGC ga
- coreT30:AT AAC CCT CAC TAA AGG GA
- CORET70：Taa tac gac tca cta tag gg
- coreM13F:Gta aaa CGA CGG cca g
- coreM13R:a、c、c、c、c
- coreSp6：gat tta ggt gac行为ATA G
- CoreBluescriptks：TCG AGG TCG ACG GTA TC
- coreBluescriptSK:CGC TCT aga act agt gga tc
- coreBGHRev：标签AAG GCA CAG TCG AGG
- corePCMVFor:CGC aaa TGG GCG gta GGC GTG
- corepGEX3:CCG gga GCT gca TGT GTC aga gg
- corepGEX5:GGG CTG gca agc cac GTT TGG tg
- coreT7Ter:GCT与TGC相同
重做的政策
如果有仪器故障，或者如果由于设施中的错误，如果有仪器故障，或者如果由于设施中的错误因序列质量受到损害的质量，则该设施将在调查器中重复一个样本。如果研究人员建议重复样品，则将使用相同的DNA和引物来重复测序反应。如果反应失效第二次，则将调查仪加入反复反应。如果已要求对序列进行测序并因此没有通过测序反应产生序列数据，则该成本将由调查员承担。
该设施将帮助调查人员在困难地区设计底漆。如果您需要这项服务，请联系Erika Thompson
经常问的问题
查看答案常见问题如：为什么我的模板没有顺序？我为什么要重新播出水中？宿主应变吗？我用来种植我的细胞吗？为什么我的序列停止短暂？
访问结果
下载序列
*注:文本序列为您提供未经编辑的原始序列数据。请查看色谱图以纠正基本呼叫软件的小错误。测序和微阵列设备提供了一个服务器，用于将数据快速分散到主要研究人员。测试结果将在服务器上保存30天，之后文件将被自动删除。调查人员应该把所有数据拷贝到他们的硬盘上。
苹果饰品
当使用AppleTalk时，服务器一次只允许20个用户登录。服务器设置为允许每个用户登录15分钟下载文件。如果您的工作站在启动时自动登录，您将在15分钟后退出系统。
(如果您没有在线文件夹，请联系ATGC，我们会为您创建一个文件夹。)
访问您的在线测序结果的新方向
个人电脑用户：
- 点击“开始”
- 点击“运行”
- 输入“\\ mymdafiles \ seq”
- 单击“OK”
- 将出现一个对话框。输入你的“用户名”和“密码”。
Macintosh用户:
- 点击“Go”(位于屏幕上方)
- 单击“连接到服务器”
- 输入“smb: / / mymdafiles / seq”
PC和Mac用户使用的用户名和密码与你通过Entourage和/或Outlook访问MD Anderson账户时使用的用户名和密码相同。
查看色谱图(免费下载软件)
个人电脑用户：
Chromas软件：http://technelysium.com.au/wp/chromas
Mac用户:
4峰软件:http://downloads.nucleobytes.com/4peaks
Sanger-based基因测序
基于Sanger的基因重新排序使基因突变检测通过在单一实验中评估整个基因或单独的SNP来检测。ATGC使用自定义设计的引物进行此测定。查看可用的基因对于这项服务。
查看服务定价时间表有关基因重测序定价的更多信息。
服务亮点
- 定制可用
- 免费提供新的化验设计
- 黄金标准新一代测序验证
仪器
定量是在量子位荧光计上进行的。测序使用3730XL DNA分析仪(Thermo)进行，比较分析使用SeqScape软件(Thermo)。
示例工作流
- 样本的量化和标准化
- PCR扩增与纯化
- 在两个方向（可能）中的桑格排序
- 对参考序列的比较对齐
- 重新分析（如果需要）
- 发现所有突变的报告以及发送给客户的所有序列
样品提交
发送完整的提交表格到D.J.多斯或提交纸质样本。样品可以在1.5或0.5微离心管中提交，并在管的顶部清楚地写有名称。需要的gDNA数量取决于所需要的基因，请联系D.J. Doss了解更多信息。
额外的信息/文件
调度样品下降
联系D.J.DOSS安排样品下降，并确定所需的GDNA金额。
有关新的分析设计，请联系D.J. Doss或Erika Thompson。
联系信息
D.J.多斯
电子邮件：djdoss@mdanderson.org.
埃里卡·汤普森
电子邮件：ejthomps@mdanderson.org
单细胞分析
提交样本进行10倍单细胞处理
项目咨询-我们强烈建议在开始您的第一个10X基因组学项目之前召开一次咨询会议。调查人员可以利用ATGC的单电话服务免费进行咨询。要求开会，请与大卫·波洛克(dpollock@mdanderson.org)或者埃里卡·汤普森(ejthomps@mdanderson.org）.
安排你的实验-单电话业务只能通过预约。在提交样品之前，您必须有一个预约。提交预约应至少提前一周，你的预期提交日期。这可以防止计划冲突，并确保适当的试剂是可用的，并在正确的温度下立即使用(当我们将试剂带入温度时，样品处于静置状态可能会对数据产生负面影响)。我们将尽力安排提交前24-48小时的预约，但我们不能保证可用。
要安排提交预约，请联系David Pollock（dpollock@mdanderson.org）.
样品提交-如需提交样本，请填写一份10X Genomics单细胞服务申请表，并将填妥的表格(带有有效账号和适当签名)通过电子邮件发送给David Pollock(见上面的电子邮件)。对于外部调查人员，除了服务请求表单之外，还需要一个附加的具有PO#和PI签名授权的外部账单表单。
单个细胞应用
3'scRNAseq基因表达谱
应用程序突出了
- 基因表达分析。
- 每个分区芯片井捕获多达10,000个单元
工作流程-单细胞、带有特定条形码和通用分子标识符(UMI)的RT引物珠，以及裂解和RT试剂被分割成油滴，在油滴溶解和细胞被裂解以进行反转录。然后将液滴破碎，并放大汇集的单链条形码cDNA，并将其片段用于文库制备。在文库制备过程中，添加适当的序列引物位点和适配器，使最终产品包含10X条形码、UMI、适当大小的cDNA插入和带有P5和P7引物序列的Illumina适配器，用于Illumina测序器(通常为NovaSeq6000或NextSeq500)上的测序。
5’scRNAseq基因的免疫表达
应用程序突出了
- 人类和小鼠样本的基因表达谱与添加免疫谱T细胞TCR和B细胞Ig的能力。
- 每个分区芯片井捕获多达10,000个单元。
工作流程-5 '基因表达的工作流程与3 ' scRNAseq类似，在cDNA扩增完成后，附加的能力是富集在T细胞或B细胞中表达的V(D)J片段。这提供了从同一细胞悬液中运行基因表达谱、TCR谱和Ig谱的能力。
scATACseq
应用程序突出了
- 单细胞开放染色质区域的确定，以理解表观遗传和整个基因组的调节变异。
- 每孔分割芯片可捕获多达10,000个核。
工作流程-单细胞ATAC分析用于评估染色质在单个细胞水平上的可及性。在这个工作流程的第一步，单核从单细胞悬液中分离出来。接下来，在第一步生成的细胞核经过转座酶酶反应，可访问的DNA区域被片段化，并与测序适配器标记。转位后的细胞核被划分为GEMs，每个细胞核都被单独编码，并准备用于文库准备。
scCNV DNAseq
应用程序突出了
- 单细胞CNV事件和罕见克隆的检测。
- 每个分区芯片井可捕获多达5,000个单元。
工作流程-该工作流程的第一步是将单个细胞在水凝胶基质中分割，在微流控芯片中生成细胞珠。细胞珠被处理以溶解捕获的细胞和变性的基因组DNA (gDNA)。在另一个微流控芯片上，GemCode技术采集约750,000个10x条形码，分别索引每个细胞的gDNA。它是通过将细胞珠分割成纳米升级的乳胶凝胶珠(GEMs)来实现的，其中所有的片段共享一个共同的10倍条形码。生成库并对其进行排序，并使用10x条形码将各个读操作关联到各个分区，从而关联到每个单元。
有关上述应用程序的更多详细信息，请访问10x Genomics网站：www.10xgenomics.com
样品要求
样本类型- 应该提交样本单个细胞悬浮液在1.5毫升微型管中。在提交之前，应在提交前（通过调查人员去除来自组织和除去显着细胞碎片的细胞解离和去除显着的细胞碎片。
福尔马林固定细胞不适合用于任何10X基因组学协议。
细胞富集-通过流式细胞术、磁珠阳性或阴性细胞筛选等。应由提交的调查员在样品提交前执行。
生存能力-最佳存活率为>90%，但70-90%的存活率是可接受的。活细胞悬液可以低温保存(存活率>在低温保存前90%)，然后在稍后的时间提交。请注意，以前冷冻保存的样品的生存能力可能有很大的差异。低存活率可能会对细胞捕获效率以及测序数据产生负面影响。
缓冲区,单细胞悬液3 '或5 ' scRNAseq服务可以通过以下两种方式提交：1 x PBS (具有≤ 10倍基因组理想缓冲液推荐的0.04%牛血清白蛋白）或者，对于更敏感的细胞，使用培养基．请注意，媒体中的添加剂可以产生捕获效率的影响。至少，EDTA / EGTA应留出培养基，因为它会抑制下游酶促步骤。如果在PBS中的样品中，细胞应该新鲜收获（提交前的最小运输时间）;否则，介质中的细胞可以更好地根据系统外部的细胞的持续时间或在非媒体环境中的细胞悬架的敏感性上。在PBS或培养基中允许胎牛血清，但不应含有超过10％的胎儿牛血清（5％以下优选）。
为scATACseq和scCNV DNAseq细胞悬浮液应以书面形式提交1x PBS.．我们不推荐任何一个应用程序的媒体。
游离核酸-如果样本被怀疑含有如果不污染游离核酸(来自死亡、死亡或溶解的细胞)，我们建议您将其从细胞悬浮液中移除(在4摄氏度下，300-500XG离心5分钟)，同时用新鲜PBS/培养基清洗1-2次。游离核酸的存在会对细胞捕获的效率以及测序数据产生负面影响。
细胞浓度
3 '或5 ' scRNAseq- 在100-200uL的PBS /培养基中，最佳细胞悬浮浓度为700-1200个细胞/ UL（700,000-1,200,000个细胞/ ml）。但是，我们可以运行较低的电池数量（我们已成功运行细胞<10,000）。对于低电池量，所需的细胞体积最大为10-30μl。
scATACseq，-此应用的细胞输入是100000 - 1x10 ^6细胞，在400-500 uL的PBS。在100-200 uL的PBS体积中，允许较低的细胞输入范围为2000 -40,000。
scCNV DNAseq- 浓度要求通常适用于该应用，工作量更低。最佳浓度为1000-4000个细胞/ UL。可能需要较高的浓度来获得本申请的最大（5000）细胞计数。
排序要求
10x基因组学为每个申请提供最低读取/单元格建议。这些是非常广泛的指导方针，可能无法满足您的特定项目的需求。我们强烈建议您咨询您的稳定统计协作者，以确定每个单元格的细胞数量，以满足您的特定实验目标所需的读数。
下表概述了ATGC对每个应用程序的读对/单元数的一般建议。这张表只是作为测序覆盖范围的指南。
| 应用程序 | ATGC阅读建议 （最低限度建议） |
|---|---|
| sc 3' RNAseq V3 | 50000读双/细胞 |
| sc 5' RNAseq基因表达 | 50000读双/细胞 |
| sc 5' RNAseq VDJ浓缩 | 10000读双/细胞 |
| scDNAseq CNV | 800,000读对/细胞 |
| scATACseq | 50000读双/细胞 |
通常对Illumina Novaseq6000或NextSeq500序列仪进行单细胞测序。两个顺序均通过提供各种流动单元格式选项来满足您的测序要求来允许灵活性。单个小区实验的定序器和流动细胞格式的选择取决于所提交的样本数量，并且针对每个样本请求的目标小区捕获。对于高样本体积或复杂的样品库池，我们将使用在更高密度流动细胞上测序之前使用ISEQ100进行适当的样品测序分布。
数据输出
ATGC只提供由我们的服务产生的原始数据。使用10X Genomics的特定软件将Base Call文件(bcl)转换为fastq文件。修改的fastq文件用于QC度量(html文件)和测序数据的解复用使用10X基因组学应用管道软件。分析文件是使用10X Genomics Pipeline软件创建的，可以使用免费的分析软件从10X Genomics下载。
请参阅ATGC价格表中的单细胞服务和测序价格。ATGC价格列表．