癌症的agcts

数据海啸

TCGA的起源部分可以部分地追溯到John Weinstein，M.D.，Ph.D.，职位生物信息学和计算生物学MD安德森。但这几乎没有发生。

当我们在NCI工作的Weinstein时，它开始于1991年开始，计划休息一天。然后他记得他的老板在那天在大轮上说话。上班是一个偶然的决定，将导致韦恩斯坦追求重要的数据相关方案，最终会影响创建TCGA。

“在他的谈话中，我有一个想法，导致我的实验室小组被认为是NCI-60的全面分子分析，一套NCI使用的60种人癌细胞系，以筛分超过100,000种化合物，加上天然产品，对于抗癌活动，“Weinstein说。

他称超新星因这些早期的努力而导致的数据促成了“数据海啸”，并将TCGA的比较成为“12,000平方棋子的患者样本”。

他说：“它为我们提供了一个关于解决基因组游戏规则的背景，并产生有用，潜在的显着结果，有益癌症患者及其家庭的背景。”

这些结果可以为研究人员提供肿瘤如何发展的新视角，并为188bet体育网址新的治疗方法指明方向。温斯坦经常被称为“后基因组生物学的先驱”，部分原因是他的另一项发明:聚集热图。这些地图使研究人员能够在海量数据中188bet体育网址可视化模式，并更快地利用它们。聚集热地图已经出现在成千上万的出版物中，温斯坦的团队现在已经开发出“下一代聚集热地图(NG-CHMs)”，它可以像谷歌地图一样放大和导航。NG-CHMs通常用于TCGA中许多不同类型癌症的数据。

今天，TCGA正在进行一项大规模的努力，研究30多种不同癌症类型的基因组变化。根据生物信息学和计算生物学助理教授Rehan Akbani博士的说法，MD Anderson是“TCGA的每一个疾病工作组的重量级人物和自豪的参与者”。

“MD安德森基因组数据分析中心(GDAC)已经成为基于反相蛋白质阵列(RPPA)的TCGA蛋白质组学数据和分析以及批效应分析和数据质量控制的首要提供者，”Akbani说。

批效应是指在使用不同的计算机系统、实验室程序和数据收集方法聚合来自多个机构的数据时，由于技术因素而产生的发现和结果。MD Anderson的批效应评估工作有助于确保全球研究机构通过TCGA研究的数据是准确和一致的。188bet体育网址RPPAs涉及对数千个样本同时进行蛋白质分析，从而测量蛋白质表达，以及蛋白质修饰，如磷酸化，开启和关闭蛋白质酶。

找到了宝藏

通过巨大的数据来筛选通常被称为“挖掘”，科学家们是寻求宝宝寻求者，以寻求有价值的掘金，这将导致更好地了解癌症的分子运作。

MD Anderson调查员在采矿TCGA数据方面取得了重大成功，并与全球癌症研究机构的多个合作伙伴合作，对癌细胞的分子细胞进行了重要发现。188bet体育网址

“MD Anderson的188bet体育网址研究人员不仅在领导层面上对癌症基因组图谱做出了贡献，帮助确保它的成功，而且我们还参与了以tcga为基础的研究，并作为主要研究人员，这些研究为癌症诊断和治疗开辟了新的可能性，”说安德森医学中心主席Ronald DePinho医学博士“我为这一开创性项目所付出的努力感到自豪，我知道在未来许多年里，我们将继续受益于这些数据。”

关于两个侵略性癌症的启示

Roeland Verhaak博士是生物信息学和计算生物学副教授，他领导了基于TCGA数据的研究，发现了两种侵袭性癌症的惊人发现。188bet体育网址

今年早些时候，Verhaak发表了由圣保罗大学RibeirãoPreto医学院和哥伦比亚大学联合主导的研究的调查结果，揭示了一些关于弥漫性胶质瘤的新信息，这些信息是在某些成人脑癌患者中发现的。

通过分析TCGA数据，该团队从患者样本中定义了一套完整的胶质瘤相关基因，并使用分子图谱来改进疾病分类。他们能够识别分子相关性，并为从低级到高级的疾病进展提供见解。

由Verhaak和密歇根大学的同事领导的另一项研究，揭示了关于肾上腺皮质癌(ACC)的重要新发现，这是一种罕见的癌症，通常预后不良。

来自39188bet体育网址个国际机构的研究人员检查了来自四大洲的91个ACC肿瘤样本，观察到“大量”DNA丢失，随后全基因组加倍(WGD)。当肿瘤细胞获得整个基因组的额外副本时，就会发生WGD。研究人员188bet体育网址发现，WGD与侵袭性临床过程有关，这表明它可能是疾病进展的标志。他们推测，如果他们能在未来的临床前研究中禁止WGD，肿瘤的生长可能会放缓。