2023年4月12日,
单细胞测序加速与癌症的进展如何?
由朱莉伊
单细胞测序单独研究细胞改变了我们能力和更高的分辨率,给我们一个清晰的每个细胞类型不同以及他们如何如何函数在一个肿瘤样本。但它是什么,它是如何帮助科学家和临床医生找到新的治疗癌症的方法吗?
直到最近,DNA和RNA序列通过批量测序技术测定,平均遗传物质在所有细胞的数量在一个给定的样本。虽然这种方法帮助识别潜在的目标,各种疗法,它也很难确定哪些特定的细胞包含目标。就像学习整个森林与个人树内。
但在2011年,一切都改变了,当安德森尼古拉斯·纳文博士。主席系统生物学,开创了一种新的方法孤立单个肿瘤细胞在一个样本并放大其基因序列。这使得它可以分别分析每个单元格。重复这个过程有许多单个细胞在肿瘤可以提供宝贵的信息,创建一个快照的所有不同类型的细胞以及它们是如何交互的。这个工作发挥了关键作用在单细胞基因组学领域的开始,它已经彻底改变了癌症研究。188bet体育网址
“在过去的10年中,单细胞测序技术得到更快、更节省成本,从而能够转化为诊所,“Navin说。“这些工具帮助研究人员观察肿瘤细胞的差异,并提供洞188bet体育网址察他们的微环境。他们将是有用的在其他领域如早期发现、诊断、非侵入性监测和临床决策。”
单细胞测序的优势相比传统测序
假设有一碗水果沙拉当作你的肿瘤样本,你特别想研究草莓。单细胞测序将允许您检查并确定每个水果的组件(草莓、橙子、猕猴桃、葡萄)。这给了一个非常明确的每个细胞的基因组,并允许你确定一个潜在的基因,或目标,只能发现在草莓,这样,无论你使用的疗法或药物可以专门定制的攻击到底什么是你想要的。
相比之下,传统的散装测序分析混合水果冰沙。你仍然可以找到一个样本中存在的潜在目标,但你不能告诉它来自哪些水果。
这就是为什么单细胞测序已经让研究人员单独调整药物和疗法直接向特定基因位点与特定类型的细胞。188bet体育网址不仅更全面,但研究人员也不需要那么多样品材料和测序机器有更高的灵敏度188bet体育网址。这允许研究人员深入研究不188bet体育网址同的生物学系统以前是不可想象的,因为现在有一种方法可以找到这些目标,同时尽量减少潜在的破坏邻近的细胞。
单细胞测序拥有先进的理解癌症和可以帮助确定新的癌症疗法
使用单细胞DNA (scDNA-seq)或RNA (scRNA-seq)测序数据与其他计算工具已帮助推动新一代信息描绘了一幅清晰的癌症发展。这可以让科学家发现独特的188bet体育网址基因改变在不同亚型可能解释为什么某些癌症的癌症抗某些治疗。
最近的几个亮点包括:
随着他的同事,Navin最近发达一种新的计算方法空间与空间结合scRNA-seq转录组——措施在很多小细胞基因表达组——的位置不同的细胞在一个组织。这个工具,叫做CellTrek,允许研究人员直观188bet体育网址地显示这些细胞的位置,在地图上标出的分子数据的结构数据分类不同类型的细胞和肿瘤进一步更好的指导治疗方法。
医学博士Michael Andreeff博士。导致其他scRNA-seq研究,导致进一步的理解和识别非常罕见的细胞,导致患者的复发急性髓系白血病。这将是困难的学习没有scRNA-seq因为他们代表每10000人中只有一个细胞。
单细胞分析也导致前列腺癌细胞的发展进步阿马多Zurita-Saavedra,医学博士,安娜Aparicio,医学博士能够无创研究的进展前列腺肿瘤的血液中循环肿瘤细胞和骨髓转移患者的治疗甚至有限的样本。
最近的研究在AACR使用单细胞测序技术
最近的一些研究使用单细胞测序也被发表于2023年美国癌症研究协会(AACR)188bet体育网址年会,突显出许多潜在的用途和更深的见解可能的技术创新。这些研究包括:
- Kangyu林博士。,和他的同事们用scRNA-seq确定一个单细胞具备干细胞签名结肠直肠癌为了更好地预测手术切除后复发的风险。(抽象2454年)
- Elshad Hasanov博士用scRNA-seq和空间转录组地图脑转移从肾癌识别目标负责免疫治疗抵抗。(会话5788年)
- 伊莱恩Stur博士和他的同事们进行了单细胞分析超过100000高档浆液性细胞卵巢癌了解主要肿瘤与肿瘤之间的差异在网膜中找到。(抽象5782年)
- Yun Yan博士和他的同事发现了细胞重新编程的恶性三阴性乳腺癌,提供新的数据来预测患者化疗反应。(抽象2147年)
- scRNA-seq允许薄熙来朱博士和他的团队建立模型的癌前肺腺癌来帮助研究早期肺癌致癌作用和识别方法在未来拦截它。(抽象6513年)
- 苏珊娜·卡斯特罗潘多省和她的团队使用这些技术来研究肿瘤细胞和免疫细胞之间的相互作用,神经元和成纤维细胞胰腺肿瘤。他们发现了IL-17 / IL-17RA信号作为管理者的B7-H4促进肿瘤发生。(抽象1188年)
- 文森特·伯纳德,医学博士博士。,colleagues used scRNA-seq to understand what happens to cells after they undergo立体定向放射治疗为胰腺癌。(抽象1096年)
- 恺乐王博士和他的同事们开发Arc-well,第一个高通量方法能够进行单细胞DNA测序从formalin-fixed石蜡包埋(FFPE)材料。(抽象125年)
- 小说空间核条码(SNuBar)方法允许Zhenna肖,博士和他的同事们调查空间微环境在导管原位癌乳腺癌。(抽象76年)
单细胞测序和空间转录组是突破性的技术,允许科学家和临床医生仔细看看的来龙去脉肿瘤进展和发现特定的基因,他们的目标。这些工具大大加快进度与癌症和宝贵的治疗策略的发展可以改善病人的结果,最终,结束癌症。