使用integromics为了更好地理解和治疗结直肠癌

安德森的结直肠癌登月™致力于预防和早期发现的第三大常见的癌症诊断男性和女性在美国,以及改善疾病治疗方法,预计今年造成超过50000人死亡。登月计划的一部分载人登月计划™共同努力加快发展科学发现到临床进步挽救病人的生命。

杰弗里·莫里斯博士。生物统计学教授和他的同事正在解决一个挑战带来的结肠癌和直肠癌的复杂性,导致反应治疗和病人生存的主要差异。

“某些癌症有两个或三个非常明确的生物标记,如果发现病人的肿瘤,可以可靠地用于指导治疗,”莫里斯说。“对许多癌症,它不是那么简单,和结肠直肠癌是其中之一。”

莫里斯领导一个项目来解决这些复杂性,更清楚地定义结直肠癌(CRC)亚型的分子特征,这将允许更多的个性化和有效的治疗方法。这需要病人样本的深度分析和整合多个数据集到一个完整的图片的使用方法称为“integromics疾病。“这integromic方法提供了一个集成的遗传变异分析,由nongenetic因素基因和调节基因的表达。

他与癌症前线关于登月的努力利用integromics进入临床化验和新的治疗方法改善CRC患者的治疗结果。

你能简要介绍一下发现和共识结直肠癌的分子亚型的意义吗?这些改变结肠直肠癌的传统观点如何?

任何癌症的一个关键问题,包括CRC、异质性的癌症病人。我们知道每个病人的肿瘤的分子特征是不同的,而这些差异的主要原因可能是病人不要对一个特定的治疗反应同样或为什么有些病人的癌症是比其他人更积极。

加上一些登月的同事,包括斯科特•Kopetz医学博士博士。,大卫表示“状态”,博士。,布拉德利扫帚,博士。,我们发起了一个国际结直肠癌子类型化财团试图建立共识亚型的CRC有助于解释这种异质性。这是一个令人难以置信的合作努力,结合数据来自4500多个患者在22个研究从现有子类型化信息系统。通过合作,我们能够识别四个共识分子亚型(CMS),我们在2015年出版自然医学。

病人在每个CMS从不同的CMS比病人更相似,所以这些亚型的识别允许我们重新定义疾病和以更精确的方式学习它。事实上,每个子类型的分子特征表明它可能个性化治疗每一个CMS,和我们现在努力更好地理解每个亚型,以更有效地对待他们。

“integromics”是什么?这种方法的价值的理解是什么这些亚型吗?

Integromics是我们使用的一个术语来描述信息集成在一起的行为在许多分子类型和分辨率水平发现更深层次的知识转化为癌症的特点。

现代生物医学研究产生大量的分子数据在188bet体育网址不同分辨率的水平,从DNA, RNA,蛋白质。在每一个层面上,我们也获得表观遗传数据包括甲基化、组蛋白修饰、微环境因素如微生物。每一个数据源提供特定信息基础生物学,但仅仅是整个画面的一部分。只有通过整合在一起,我们才能希望获得一个完整的关键机制癌症及其亚型。

我们希望这个深识别子集的分子特性将使病人应对现有的疗法,提高小说CMS-specific治疗靶点的发现和开发。

结直肠癌登月如何利用integromics改善病人护理?

我们的工作主要有两个来源的多平台基因组数据——从癌症基因组图谱公开数据(TCGA)数据和内部数据从几百的CRC患者。在MD安德森,我们有独特的机会来访问和分析这两个大型数据集,让我们更好地理解CRC生物学。

我们的团队克服了数据管理的重大挑战和发展创新的统计方法去追求这一目标。几年前,几乎没有为这些类型的综合分析统计方法,建立和MD安德森生物统计学和生物信息学研究小组领导这样的工具的发展。188bet体育网址

通过integromics用我们学习,我们现在正与内部同事,领导的Dipen丸。,拉贾Luthra博士。部署一个临床试验更好的病人的肿瘤分类到特定的CMS。,我们希望从integromics方法是学习基本信息可以帮助指导治疗的肿瘤发现过程。

你能描述一下你的团队的临床试验是在工作吗?

为了利用CMS在诊所,有必要有一个临床试验的患者的肿瘤分类成一个四CMS。原始的自然医学报导CMS分类器,但它需要用来组织和测量近6000个基因,这不是可行的临床使用。

我们的登月团队曾广泛开发一种改进的CMS为临床使用分类器和适应它。我们首先进行了大量的调查潜在的分类方法来建立一个更有效的比之前报道的CMS分类器。我们也希望我们的试验是有用的在formalin-fixed石蜡包埋标本常见的诊所。我们开发了一个分析,可以使用这两种类型和所需的样本分析的100个基因。

我们正在经历CLIA认证这个分类器,因此它可以应用于临床。我们也试图改进这个分类器使用转移样品和建造更多相关patient-derived异种移植(PDX)模型。

你的团队工作来评估这些新的和现有的治疗方法的上下文中亚型,以识别和优化每个子群的患者最好的治疗方法?

正如我提到的,四个CMS具有不同的分子特征,我们希望确定现有或新疗法针对这些特点。这将使我们能够执行以cms为基础的精确治疗CRC,有可能大大提高病人的结果。

我们采取了综合的方法,一些登月发射平台,包括应用癌症研究所科学中心(IACS)和Co-Clinical试验,对开发和测试工作治疗靶点与相关性在特定的CMS。

首先,我们正在试图把病人CMS在现有的临床试验来评估他们的亚型是否预测对治疗的反应。我们还正在调查一些新奇的治疗临床前研究正在开发的大船。

其次,我们使用慢病毒和CRISPR屏幕识别潜在CMS-specific治疗目标,也包括CMS-specific临床前模型的开发,包括pdx可用于这些屏幕。

最后,我们启动了研究利用患者的临床分级机丰富具体的CMS,我们正在评估其他完成的和正在进行的随机研究,以了解CMS预计活动新疗法。

我们将信息从integromic患者样本的分析来指导这个过程,我们希望这种策略会导致成功的最有发展潜力的目标发现当拍摄到诊所。登月的资金使我们仅合作和加速进步,使这些突破性的发现当他们否则就不会。