Bayes Mix用户指南

BayesMix是一种基于模型的差异基因表达推理，使用非参数贝叶斯概率模型来表示不同条件下基因强度的分布，类似于经验贝叶斯方法。

BayesMix分布由一个Java前端和一个R后端组成，R后端调用各种C函数来实现统计方法。作为代理的伪终端应用程序接受来自Java前端的命令并返回R的输出。

用户界面

Java应用程序处理矩阵文件数据。检查用户输入的信息的有效性。无效输入将导致违规字段在反向视频中显示。提供带有数字范围信息的工具提示。当所有字段都被认为有效时，显示按钮将被启用。

微分矩阵

指定微分矩阵的文件名。矩阵文件的字段必须用制表符分隔。文件[header]的第一行包含变量(列)的名称，后面是一些包含要分析的数据的行数。每个数据行以行名开头，后面跟着数据值。标题行应该比数据行少一列。建议所有报头字段都用引号括起来，以避免歧义。

零差别矩阵

指定空差矩阵的文件名。矩阵的格式与微分矩阵的格式相同。

错误发现率

指定表示错误发现率的实数列表。最小值可以是4，最大值可以是10。每个值必须在范围内[0.0,1.0)。

分析模式

指定要执行的所需处理。的选择是:

• 非参数贝叶斯(NPBA)
• 经验贝叶斯(EBA)
• 顺序EBA-NPBA

SD校正因子

指定用于标准偏差校正的校正因子(s)。可以有一个或两个实数值。当提供两个值时，第一个值与微分矩阵一起使用，第二个值与零差分矩阵一起使用。如果只提供了一个值，它将用于两个矩阵。NPBA分析模式。

模拟

指定一个正整数值，表示要执行的MCMC模拟的数量。NPBA或顺序分析模式。

获得老化

指定一个非负整数值，表示作为老化部分要丢弃的MCMC模拟的数量。这个值最多可以是模拟次数的一半。NPBA或顺序分析模式。

密度区间

指定表示MCMC采样率的非负整数值。因此，较高的值将导致收集的样本更少。至少需要10个样本才能获得有意义的输出。NPBA或顺序分析模式。

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菜单

文件下拉菜单

File下拉菜单包含所有通用文件处理选项。

• 打开...：从配置文件中读取设置。
• 保存…:将当前设置写入配置文件。
• Quit:退出应用程序。

帮助下拉菜单

Help下拉菜单包含所有提供使用应用程序基本帮助的选项。

• 概述:提供应用程序用途的高级描述。
• 用户指南:通过web浏览器显示本文档。
• About:提供关于应用程序本身的信息。

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输入/输出

环境变量

• BMHOME:安装的根目录。强制性的。
• BMCONF:设置文件的默认目录。如果未设置，默认为$BMHOME/conf目录。
• BMDATA:数据文件的默认目录。如果未设置，默认为$BMHOME/data directory。
• BMOUTPUT：用于保存模拟输出文件的目录。默认为$ BMHOME /输出目录如果未设置。

文件

• <设置>。cf:存放仿真设置的配置文件。
• .ps:用于保存图形/图的Postscript文件。
• <功能>。tsv:包含tab分隔值的ASCII文件。

命令行激活

java

• Dbayesmix。home=pathname指定与$BMHOME相同的东西
• Dbayesmix.conf=pathname与$BMCONF相同
• Dbayesmix。data=pathname与$BMDATA相同
• dbayesmix.output = pathname指定与$ bmoutput相同的东西
• Dnative。subdir=pathname格式为$MACHTYPE-$VENDOR-$OSTYPE的字符串
• Dstatistics.package。exec=r_filename R可执行文件的名称
• Dstatistics.package。args=r_exec_args指定要传递给R可执行文件的参数
• Dmonitor。output=true指定R可执行文件的输出应该回显到屏幕
• Djava.security。manager=default启用Java安全管理器
• Djava.security.policy = lib /安全/ BayesMix。policy Java安全策略文件
• jar lib/bayesmix.jar GUI应用程序归档文件
• [config_fileName]指定现有贝叶斯混合配置文件以在启动时打开

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