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      前
      汉徐形象

      汉旭,博士。

      表观遗传学系和分子致癌,基础科学分工

      目前标题和隶属关系

      主要约会

      德克萨斯大学安德森癌症中心(MD Anderson Cancer Center, Smithville, TX)基础科学研究部门表观遗传学和分子癌变学系助理教授188bet体育网址

      双/联合/辅助预约

      教师,生物医学科学研究生院(GSBS),德克萨斯州休斯顿,德克萨斯州德克萨斯州健康科学中心

      188bet体育网址研究兴趣

      我对开发高通量生物实验设计和分析的计算算法感兴趣,重点在转录和表观遗传调控领域的应用。在过去十年中,下一代测序技术的出现促进了许多高通量生物技术的发展,极大地加速了生物医学研究。188bet体育网址创新的计算方法是需要的,不仅是标准化的数据处理,而且是合理的设计和公正的解释这些实验。我们开发了一系列应用于ChIP-seq、DNase-seq、RNA-seq和3D染色质相互作用实验的生物信息学工具。这些工具已使深入合作,导致阐明转录和表观遗传调节机制的癌细胞和胚胎干细胞。我目前的研究兴趣主要是188bet体育网址基于crispr的遗传或表观遗传扰动筛选的优化、设计和分析。我们正在开发机器学习和统计方法,以提高CRISPR筛选的性能,并使用这些方法对编码和非编码基因组区域进行系统功能表征。我们还在开发新的算法来整合来自CRISPR屏幕和其他异构“-omic”数据集的信息。我的团队与分子生物学家和临床研究人员合作,将我们的计算机专业知识与前沿生物技术结合起来,解决癌188bet体育网址症表观遗传学的基本问题,并破译各种癌症表型背后的遗传和表观遗传“密码”。

      教育和培训

      授予学位教育

      2011 新加坡南洋理工大学,SGP,生物信息学博士
      1999年 浙江大学,浙江,CHN, ME,信息系统
      1996年 浙江大学,浙江,CHN,是,计算机科学

      研究生培训

      2010-2015. 博士后研究奖学金,生物统计188bet体育网址学和计算生物学,达纳 - 前癌症研究所,哈佛大学公共卫生学院,马萨诸塞州波士顿

      选定的出版物

      同行评审文章

      1. 陈春华,肖涛,徐华,姜平,Meyer CA,李伟,Brown M,刘学森.改进CRISPR敲除筛选的设计和分析。生物信息学34(23):4095 - 4101年,2018年。e-Pub 2018。PMID: 29868757。
      2. 肖T,李文,王X,徐H,杨j,吴q,黄y,geradts j,江p,fei t,chi d,zang c,liao q,rennhack j,Andrechek E,Li N,Detre S,dowsett m,jeselsohn rm,liu xs,棕色m.雌激素调节反馈回路限制了雌激素受体靶向乳腺癌治疗的疗效。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2018。e-Pub 2018。PMID: 29987050。
      3. 闫杰,蔡堂,周c,zhu c,yang j,zhang c,gu f,xu h,we j,liu q.基准测试CRISPR靶标SGRNA设计。简短生物形象19(4):721-724,2018。PMID:28203699。
      4. Meyers RM,Bryan JG,McFarland JM,Weir Ba,Sizemore Ae,Xu H,Dharia NV,Montgomery PG,Cowley GS,Pantel S,Goodale A,Lee Y,Ali Ld,Jiang G,Lubonja R,Harrington WF,Strickland M,吴T,Hawes DC,Zhivich VA,Wyatt Mr,Kalani Z,Chang Jj,Okamoto M,Stegmaier K,Golub Tr,Boehm JS,Vazquez F,Root de,Hahn Wc,Tsherniak A.拷贝数效应的计算校正提高了癌细胞中CRISPR-CAS9生物性屏幕的特异性。NAT Genet 49(12):2017年1779-1784,2017。E-Pub 2017. PMID:29083409。
      5. Rosenbluh J, Xu H, Harrington W, Gill S, Wang X, Vazquez F, Root DE, Tsherniak A, Hahn WC.互补信息来源于CRISPR Cas9介导的基因缺失和抑制。Nat Commun 8:15403, 2017。e-Pub 2017。PMID: 28534478。
      6. Cao q,ma j,chen ch,xu h,chen z,li w,liu xs.CRISPR- focus:用于设计聚焦CRISPR筛选实验的网络服务器。PLoS One 12(9):e0184281, 2017。e-Pub 2017。PMID: 28873439。
      7. Ma J,KösterJ,秦Q,胡S,Li W,Chen C,Ca Q,Wang J,Mei S,Liu Q,徐H *,刘x *.CRISPR- do用于全基因组CRISPR设计和优化。生物信息学32(21):3336 - 3338年,2016年。e-Pub 2016。PMID: 27402906(*合著作者)。
      8. 秦Q,梅S,吴q,孙h,li l,taing l,chen s,li f,liu t,zang c,xu h,chen y,meyer ca,zhang y,棕色m,long hw,liu xs.ChiLin:一个全面的ChIP-seq和DNase-seq质量控制和分析管道。生物信息学17(1):404,2016。e-Pub 2016。PMID: 27716038。
      9. 徐辉,徐凯,何洪辉,臧超,陈超,陈勇,秦强,王胜,王超,胡松,李飞,龙辉,Brown M,刘学森.综合分析揭示了EZH2和E2F1在调控肿瘤相关基因表达中的转录协作作用。中国生物医学工程学报,2016,35(2):457 - 461。e-Pub 2015。PMID: 26659825。
      10. 徐华,肖涛,陈超,李伟,Meyer CA,吴强,吴东,丛林,张飞,刘俊生,Brown M,刘学森.改进CRISPR SGRNA设计的序列决定因素。Genome Res 25(8):1147-57,2015。E-PUB 2015. PMID:26063738。
      11. 李W *,徐H *, Xiao T, Cong L, Love MI, Zhang F, Irizarry RA, Liu JS, Brown M, Liu XS.MAGECK使来自基因组规模CRISPR / CAS9敲除屏幕的基本基因的稳健识别。Genome Biol 15(12):554,2014。PMID:25476604。
      12. 徐H唱,周.从芯片-SEQ数据识别差分组蛋白修改站点。方法Mol Biol 802:293-303,2012。PMID:22130888。
      13. Handoko L *,徐H *李G *,颜CY,嚼E, Schnapp M,李连续波,你们C,萍杰,Mulawadi F,黄E,盛J,张Y, Poh T,陈CS, Kunarso G,该导弹,Bourque G, Cacheux-Rataboul V,唱周,阮Y,魏CL.多能细胞中ctcf介导的功能性染色质相互作用。中国生物医学工程学报43(7):630- 8,2011。e-Pub 2011。PMID: 21685913。
      14. 徐H叶超,盛俊,魏春林,林芳,宋文奎.负控制芯片-SEQ意义分析的信号噪声模型。生物信息学26(9):1199-204,2010。E-PUB 2010. PMID:20371496。
      15. 徐H、魏瑞林、林芳、宋伟坤.HMM方法从ChIP-seq数据中对差异组蛋白修饰位点进行全基因组鉴定。生物信息学24(20):2344 - 2008。e-Pub 2008。PMID: 18667444。
      16. 陈X *,徐H *,袁p,方福,哈斯米,朱·vb,黄娥,orlov yl,张w,江j,loh yh,yeo hc,yeo zx,陈刚v,govindarajan kr,leong b,shahab a,阮y,bourqueg,sung wk,clarke nd,wei cl,ng hh.胚胎干细胞中外部信号通路与核心转录网络的整合。细胞133(6):1106 - 2008。PMID: 18555785(*共同第一作者)。
      17. 赵XD *,汉X *,周俊立,刘杰,赵金平,周a, Orlov YL,宋伟坤,Shahab A, Kuznetsov VA, Bourque G, Oh S,阮勇,Ng HH, Wei CL.组蛋白H3 Lys4和27三甲基化的全基因组图谱揭示了人类胚胎干细胞中不同的基因组区室。细胞干细胞1(3):286- 98,2007。PMID: 18371363(*共同第一作者)。
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