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      前
      Wenyi王形象

      Wenyi王博士。

      生物信息学与计算生物学系,基础科学部

      关于王博士

      王文义教授是一位大数据科学家,拥有统计学和生物学的学术背景。她的主要兴趣在于利用数据争论来理解癌症多组学产生的大数据。她的实验室的统计方法和工具开发是数据驱动的,并以解决重要和新颖的生物学问题为动力。

      她的实验室网站是:https://odin.mdacc.tmc.edu/~wwang7/.

      阅读更多

      目前职务及所属单位

      主要的约会

      德克萨斯大学安德森癌症中心基础科学研究部生物信息学与计算生物学系副教授(终身教授188bet体育网址

      双/共同/兼职的约会

      德克萨斯农工大学统计学系兼职教授

      188bet体育网址研究兴趣

      实验室目前主要研究方向为:188bet体育网址

      1)利用转录组和基因组数据(基因组间数据)的计算反褶积,从大样本和单细胞测序数据获得肿瘤异质性和进化。我们的目标是了解a)肿瘤微环境可能导致预后或治疗反应的不同结果,b)正常组织中细胞-细胞相互作用的分子机制。

      2)个性化癌症风险预测模型,以TP53突变相关Li-Fraumeni综合征作为疾病模型;以及新的统计模型和研究设计,以进一步了解TP53突变对泛癌症的影响。

      该实验室根据需要使用统计/计算工具箱,包括深度学习方法。我们目前的重点是高维数据中的混合建模和机器学习。

      教育和培训

      授予学位教育

      2007 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院,美国巴尔的摩医学博士,生物统计学博士
      2003 哥伦比亚大学内科医生和外科医生学院,纽约市,美国,马萨诸塞州,人类营养
      2001 复旦大学生物学学士

      体验和服务

      学术任命

      德克萨斯大学安德森癌症中心定量科学部生物信息学和计算生物学系助理教授,休斯顿,德克萨斯州,2010 - 2015年

      行政任命/责任

      招生委员会成员,gbs,休斯顿,德克萨斯州,2018 - 2020

      德克萨斯大学休斯顿分校生物医学科学研究生院定量科学项目联合主任,德克萨斯州休斯顿,2014 - 2018年

      其他的约会/责任

      美国统计协会统计遗传学和基因组学分会项目主席,弗吉尼亚州亚历山大,2018 - 2018年

      贝勒医学院定量计算生物学研究生项目教员,休斯顿,德克萨斯州,2017年至今

      荣誉和奖励

      2014 德克萨斯大学休斯顿分校生物医学科学研究生院对研究生教育的杰出服务
      2011 恒星摘要奖,第五届数量基因组学年度计划,哈佛大学公共卫生学院
      2008 简和史蒂夫·迪卡兹奖,约翰·霍普金斯大学,马里兰州巴尔的摩市
      2008 美国大学优等生学会会员,约翰霍普金斯大学优等生学会分会会员
      2008 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院德尔塔·欧米茄·阿尔法入会会员
      2007 第十一届国际计算与分子生物学研究会议旅行奖188bet体育网址
      2006 国际遗传流行病学协会第十五届年会旅行奖
      2005 6月B. Culley奖,约翰霍普金斯大学,巴尔的摩,医学博士
      1997 复旦大学人民奖学金中国上海
      1994 复旦大学荣誉科学项目,上海,中国

      选定的出版物

      同行评议的文章

      1. Gerstung M,欢乐的C, Leshchiner我Dentro SC,冈萨雷斯,Rosebrock D,米切尔TJ, Rubanova Y, Anur P, Yu K, Tarabichi M, Deshwar, Wintersinger J, Kleinheinz K, Vazquez-Garcia我hasse还K, Jerman L,森古普塔年代,麦金太尔G, Malikic年代,Donmez N, Livitz DG, Cmero M, Demeulemeester J,舒马赫,风扇Y,姚明X,李J, Schlesner M,布特罗斯·电脑,Bowtell DD, Zhu H, Getz G, Imielinski M, Beroukhim R, Sahinalp SC, Ji Y, Peifer M, Markowetz F, Mustonen V, Yuan K, Wang W, Morris QD, PCAWG Evolution & Heterogeneity Working Group, Spellman PT, Wedge DC, Van Loo P, PCAWG Consortium.2658种癌症的进化历史。自然578(7793):122 - 128年,2020年。e-Pub 2020。PMID: 32025013。
      2. Tarabichi M, Martincorena I, gersten M, Leroi AM, Markowetz F, PCAWG进化与异质性工作组,Spellman PT, Morris QD, Lingjærde OC, Wedge DC, Van Loo P.中性的肿瘤进化吗?。中国科学(d辑):地球科学(d辑),2018。e-Pub 2018。PMID: 30374075。
      3. 申世杰,李娟,宁杰,Bojadzieva J,强LC,王女.半参数复发事件模型的贝叶斯估计及其在Li-Fraumeni综合征多原发癌外显率估计中的应用生物统计学,2018年。e-Pub 2018。
      4. Wang Z, Morris JS, Cao S, Ahn J, Liu R, Tyekucheva S, Li B, Lu W, Tang X, Wistuba II, Bowden M, Mucci L, Loda M, Parmigiani G, Holmes CC,王女.具有免疫浸润的异质性肿瘤样本的转录组反褶积iScience, 2018年。e-Pub 2018。
      5. Shin SJ, Yuan Y*, Strong LC, Bojadzieva J,王女*.癌症特异性发病年龄外显率的贝叶斯半参数估计及其在Li-Fraumeni综合征中的应用。JASA, 2018年。e-Pub 2018。
      6. 李军,傅超,速度TP,王W *Symmans F *.从福尔马林固定的癌症组织准确的RNA测序代表高质量的转录组从冷冻组织。临床肿瘤学杂志,2018。e-Pub 2018。PMID: 29862382。
      7. 刘锐,王智,王伟,安杰,Asselin-Labat ML, Smyth GK, Ritchie ME.RNA-seq调酒:设计真实的对照实验,比较方案和分析方法。中国生物医学工程学报,2017,35(5):514 - 514。e-Pub 2016。PMID: 27899618。
      8. MI, Shen P, Odegaard JI, Fung E, Chiang T, Peng G, Davis RW,王女harrazi M, Schrijver I, Scharfe C.新一代分子检测新生儿干血斑囊性纤维化。中国生物医学工程学报,2016,35(2):427 - 434。e-Pub 2016。PMID: 26847993。
      9. Fan Y, Xi L, Hughes DS, Zhang J, Zhang J, Futreal PA, Wheeler DA,王女.MuSE:使用样本特异性错误模型来解释肿瘤异质性,可以提高测序数据中突变调用的敏感性和特异性。中国生物医学工程学报17(1):178,2016。e-Pub 2016。PMID: 27557938。
      10. 安杰,刘胜,王女Y * *元.具有不可忽略遗漏的二元纵向数据的贝叶斯潜类混合效应混合模型。生物识别技术69(4):914 - 2013。e-Pub 2013。PMID: 24328715。
      11. 癌症基因组图谱研究网络,Weinstei188bet体育网址n JN, Collisson EA, Mills GB, Shaw KR, Ozenberger BA, Ellrott K, Shmulevich I, Sander C, Stuart JM.癌症基因组图谱泛癌症分析项目。中国生物医学工程学报,2013,33(10):1043 - 1046。PMID: 24071849。
      12. Ahn J, Yuan Y, Parmigiani G, Suraokar MB, Diao L, Wistuba II,王女.DeMix:使用原始测量数据对混合癌症转录组进行反褶积。生物信息学29(15):1865 - 71年,2013年。e-Pub 2013。PMID: 23712657。
      13. 彭刚,范勇,Palculict TB,沈鹏,Ruteshouser EC, Chi AK, Davis RW, Huff V, Scharfe C,王女.基于家族的测序分析的罕见变异检测。中国科学(d辑):地球科学(英文版),2013。e-Pub 2013。PMID: 23426633。
      14. 斯利瓦斯塔瓦,王女Manyam G, Ordonez C, Baladandayuthapani V.利用层次贝叶斯关联向量机集成多平台基因组数据。生物信息学杂志2013(1):9,2013。e-Pub 2013。PMID: 23809014。
      15. 华勇,杨勇。王女,张宁,休斯.减速存活:HER4在成神经细胞瘤中保护细胞免受压力并提供化疗耐药性。癌症118(20):5140 - 2012。e-Pub 2012。PMID: 22415601。
      16. 张宁,徐勇,O’hely M,速度TP, Scharfe C,王女.SRMA:用于重测序阵列数据分析的R包。生物信息学28(14):1928 - 2012。e-Pub 2012。PMID: 22581181。
      17. Wilkins EJ, Rubio JP, Kotschet KE, Cowie TF, Boon WC, O'Hely M, Burfoot R,王女, Sue CM, Speed TP, Stankovitch J, Horne MK.帕金森病相关基因的DNA重测序阵列。帕金森病相关疾病18(4):386- 90,2012。e-Pub 2012。PMID: 22243833。
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      19. 王女, Shen P, Thiyagarajan S, Lin S, Palm C, Horvath R, Klopstock T, Cutler D, Pique L, Schrijver I, Davis RW, Mindrinos M, Speed TP, Scharfe C.利用改进的阵列测序技术鉴定线粒体疾病中的罕见DNA变异。核酸Res 39(1):doi: 10.1093/nar/gkq750, 2011。PMID: 20843780。
      20. 王女, Niendorf KB, Patel D, Blackford A, Marroni F, Sober AJ, Parmigiani G, Tsao H.使用MelaPRO评估遗传性黑色素瘤CDKN2A携带者概率和个性化癌症风险评估。中国生物医学工程学报,2019,39(2):457 - 461。e-Pub 2010。PMID: 20068151。
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      25. 小冈萨雷斯,王女, Ballana E, Estivill X.非综合征性耳聋的隐性孟德尔模型预测DFNB1携带者的概率。农业工程学报27(11):1135- 42,2006。PMID: 16941638。
      26. 陈,王女, Lee S, Nafa K, Lee J, Romans K, Watson P, Gruber SB, Euhus D, Kinzler KW, Jass J, Gallinger S, linor NM, Casey G, Ellis N, Giardiello FM, Offit K, Parmigiani G,结肠癌家族登记.林奇综合征中生殖系突变和癌症风险的预测。《美国医学会杂志》296(12):1479 - 87年,2006年。PMID: 17003396。
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      29. 沈P *,王W *范勇;戴维斯RW和沙夫C.多目标捕获与长挂锁探测器。基因组医学(5):50。e-Pub 2013。PMID: 23718862。
      30. McCarthy DJ Rostom R, Huang Y,Kunz DJ,Danecek P, Bonder MJ, Hagai T, HipSci Consortium,王女, Gaffney DJ, Simons BD, Stegle O, Teichmann SA.Cardelino:整合整个外显子组和单细胞转录组以揭示体细胞变异的表型影响。自然的方法。
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      标题: TCGA数据分析与转化应用综合管道(GDAC)补充
      资金来源: NIH / NCI
      角色: 共同
      标题: 19q家族性Wilms肿瘤易感基因的下一代基因组序列鉴定
      资金来源: 德州癌症预防与研究所188bet体育网址
      角色: 共同
      标题: TCGA数据分析与转换应用的集成管道(GDAC)
      资金来源: NIH / NCI
      角色: 共同
      标题: TCGA数据分析与转换应用的集成管道(GDAC)
      资金来源: NIH / NCI
      角色: 共同
      标题: 黑色素瘤中NF1功能缺失的改变:新的分类、分子机制和翻译应用
      资金来源: NIH / NCI
      角色: 咨询委员会成员
      标题: 液体活检选择治疗复发性炎性乳腺癌
      资金来源: 美国癌症研究协会188bet体育网址
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