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          b细胞淋巴瘤登月是革新了传统的医学研究方法迅速将研究结果转化为病人的治疗方案和开发个性化的治疗策略。188bet体育网址

      前
      肯·陈形象

      肯Chen博士。

      生物信息学和计算生物学、基础科学分工

      关于陈竺

      陈竺收到清华大学(北京),他B.E.从伊利诺伊大学香槟分校博士,博士后训练从加州大学圣地亚哥。从2005年到2011年,他曾在圣路易斯华盛顿大学医学院的资深科学家和研究能力。188bet体育网址背景在机器学习、统计信号处理、和癌症基因组学,他的主要目标是开发计算工具来分析和解释人类基因组学和临床数据对基因组医学的实现。陈竺设计、开发和联合开发的一套计算工具,如跳霹雳舞,系波峰,BreakTrans, BreakFusion, PolyScan SomaticSniper, VarScan,已被广泛应用于描述个人和人口基因组学等各种大型下一代测序项目的癌症基因组图谱(TCGA)和1000人基因工程。他特别感兴趣的是全面、准确地构建各种癌细胞的基因组和转录组人群对理解异质性和癌症的发展由于遗传和环境。他也有兴趣开发综合识别方法用于诊断和预后的生物标志物。更多的信息关于他的研究小组是可用的188bet体育网址在这里。

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      现在的标题和归属

      主要的约会

      副教授,生物信息学和计算生物学,定量科学分工,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德克萨斯州

      生物信息学主任哈里发·本·扎耶德·阿勒纳哈扬采取行动研究所个性化的癌症治疗,休斯顿,德克萨斯州

      双/共同/兼职的约会

      普通成员,生物医学科学研究生院,德克萨斯大学健康科学中心,休斯顿,德克萨斯州

      兼职教员,计算机科学系,莱斯大学,休斯顿,德克萨斯州

      教育和培训

      授予学位教育

      2004年 美国伊利诺斯大学厄本那-香槟分校,博士,电气和计算机工程
      1996年 清华大学,北京、中文、精密仪器

      研究生培训

      2004 - 2005 188bet体育网址研究奖学金、生物化学和生物物理学、加州大学圣地亚哥分校CA

      体验和服务

      学术任命

      助理教授,定量科学分工,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,TX, 2011 - 2016

      188bet体育网址的遗传学研究导师、部门,华盛顿大学,圣路易斯,密苏里州,2009 - 2011

      其他的约会/责任

      基因组研究所的高级科学家,华盛顿大学医学院的圣路易斯,密苏里州,2005 - 2011

      微软亚洲研究院的实习生,北京,200188bet体育网址1 - 2001

      荣誉和奖励

      2016年 安德鲁萨宾家庭的
      2016年 候选人罗伯特·m·张伯伦卓越导师奖
      2014年 最好的表演者ICGC-TCGA梦8.5体细胞突变叫挑战,dreamchallenge.org
      2003年 φKappaφ,伊利诺伊大学香槟分校

      专业的会员

      美国癌症研究协会188bet体育网址

      活跃成员,2012年至今

      国际社会计算生物学

      成员,2011年至今

      电气和电子工程师学会

      高级成员,2009年至今

      选定的出版物

      同行评议的文章

      1. 小王,小王Q,莫汉蒂V,梁年代,窦J,汉族J, Minussi特区高R,丁L, Navin N,陈K。MEDALT:单细胞拷贝数血统追踪使基因的发现。基因组医学杂志22 (1):70、2021。e-Pub 2021。PMID: 33622385。
      2. 李JJ, Kopetz年代,Vilar E,沈JP,陈K,Maitra一。相对丰富的SARS-CoV-2条目下胃肠道肠上皮细胞的基因。基因(巴塞尔)11(6),2020年。e-Pub 2020。PMID: 32545271。
      3. 陈梁,梁Q, R,陈K。分层测试减轻单细胞数据批处理的影响。2020年计算机科学,课堂讲稿。
      4. 梁,王F,汉族,陈K。潜在的周期性过程推理从单细胞RNA-seq数据。Nat Commun 11 (1): 1441、2020。e-Pub 2020。PMID: 32188848。
      5. 李Y,罗伯茨ND, Wala是的,Shapira O,舒马赫,Kumar K, Khurana E, Waszak年代,戈倍尔乔,哈伯我,Imielinski M, PCAWG结构性变异工作组,Weischenfeldt J, Beroukhim R,坎贝尔PJ, PCAWG财团。的体细胞在人类癌症基因组结构变异模式。自然578(7793):112 - 121年,2020年。e-Pub 2020。PMID: 32025012。
      6. 梁问Dharmat R,欧文L,沙,李Y,金正日年代,维塔莱,金我,摩根D,梁年代,吴N,陈K,陈DeAngelis MM, R。Single-nuclei RNA-seq对人类视网膜组织提供了改进的转录组分析。Nat Commun 10 (1): 5743、2019。e-Pub 2019。PMID: 31848347。
      7. 王F, Kumar T梁年代Navin N,陈K。SCMarker:从头开始标记选择单一细胞转录组分析。公共科学图书馆第一版杂志15 (10):e1007445, 2019年。e-Pub 2019。PMID: 31658262。
      8. 黄KL, Mashl RJ,吴Y, Ritter DI,王J,哦,C, Paczkowska M,雷诺兹年代,Wyczalkowski妈,橡树N,斯科特•广告Krassowski M, Cherniack广告,Houlahan KE, Jayasinghe R,王磅,周,刘D,曹年代,金正日YW, Koire, McMichael摩根富林明,Hucthagowder V,金正日结核病,哈恩,王C, McLellan医学博士Al-Mulla F,约翰逊KJ,癌症基因组图谱的研究网络,Lichtarge O,布特罗斯·PC,拉斐尔B, Lazar AJ,张W, Wendl MC, Govindan R,耆那教的年代,惠勒D, Kulkarni年代,188bet体育网址Dipersio摩根富林明,Reimand J, Meric-Bernstam F,陈K陈Shmulevich我Plon SE, F,丁L。致病性遗传变异在10389年成人癌症。细胞173 (2):355 - 370。e14灯头,2018年。PMID: 29625052。
      9. 贝利MH, Tokheim C, Porta-Pardo E,森古普塔年代,伯特兰D, Weerasinghe, Colaprico, Wendl MC,金正日J,里尔登B, Ng PK, Jeong KJ,曹年代,王Z,高,高Q,王F,刘EM, Mularoni L, Rubio-Perez C,纳N, Cortes-Ciriano我,周,梁WW,赫斯JM, Yellapantula VD, Tamborero D, Gonzalez-Perez, Suphavilai C, Ko司法院,Khurana E,公园PJ,范-艾伦,梁H, MC3工作组,癌症基因组图谱的研究网络,劳伦斯女士,Godzik, Lopez-Bigas N,斯图尔特·J Wheeler D,斯坦利·G,188bet体育网址陈KLazar AJ,米尔斯GB, Karchin R,丁L。全面描述癌症的司机基因和突变。细胞173 (2):371 - 385。e18, 2018年。PMID: 29625053。
      10. 布朗Thorsson V,吉布斯DL, SD,狼D, Bortone DS, Ou杨TH, Porta-Pardo E,高的女朋友,Plaisier CL,艾迪JA,齐夫E Culhane AC, Paull EO, Sivakumar IKA,抚慰着AJ, Malhotra R, Farshidfar F, Colaprico,帕克JS,摩斯勒,签证官NS,刘,刘Y,雷德J, Dhankani V,雷诺兹SM,鲍比R, Califano, Cherniack广告,Anastassiou D, Bedognetti D,饶,陈K胡,Krasnitz H,马耳他TM、Noushmehr H, Pedamallu CS, Bullman年代,Ojesina AI,羊肉,周W,沈H, Choueiri TK,温斯坦约,Guinney J,萨尔兹J,霍尔特RA, Rabkin CE、癌症基因组图谱的研究网络,Lazar AJ, Serody JS, Demicco如Disis ML,文森特•BG Shmulev188bet体育网址ich L。癌症的免疫景观。免疫48 (4):812 - 830。e14灯头,2018年。e-Pub 2018。PMID: 29628290。
      11. Navin N征服者H, Tzen,陈K,等我。SiFit:推断finite-sites下肿瘤从单细胞测序数据树模型。基因组医学杂志18 (1):178、2017。e-Pub 2017。PMID: 28927434。
      12. 刘P元B,卡瓦略厘米,香肠,沃尔特·K, L, Gambin T,庄Z,坎贝尔IM, Coban Akdemir Z, Gelowani V, Writzl K, Bacino CA,林赛SJ,威瑟斯M, Gonzaga-Jauregui C, Wiszniewska J,摇桨J, Stankiewicz P, Jhangiani SN, Muzny DM,张,陈K吉布斯RA, Rautenstrauss B,张SW,史密斯J, Breman,肖CA,帕特尔,赫里斯我,Lupski JR。一个有机体的CNV突变表型局限于早期人类发展。细胞168 (5):830 - 842。e7, 2017年。PMID: 28235197。
      13. Chong Z,阮J,高米,周W,陈T,风扇X,丁L,李AY,布特罗斯·P,陈J,陈K。novoBreak:本地组装断点检测癌症基因组。Nat方法14(1):65 - 67年,2017年。e-Pub 2016。PMID: 27892959。
      14. 王征服者H, Y, Navin N纳克勒L,陈K。Monovar:单核苷酸变异检测单个细胞。Nat方法13 (6):505 - 2016。e-Pub 2016。PMID: 27088313。
      15. 曾荫权YH, Dogruluk T,泰德斯点,Wardwell-Ozgo J,卢H, Espitia M, Nair N,而R,庄Z,陈F, Chang量化宽松政策,高秤JB, Dogruluk,李米,应H, Bertino JR Gingras MC, Ittmann M,放到一张J,陈KCreighton CJ, Eterovic K,米尔斯GB,斯科特KL。罕见的基因的功能注释畸变胰腺癌的司机。Nat Commun 7:10500, 2016年。e-Pub 2016。PMID: 26806015。
      16. 周W,陈T,庄Z, Rohrdanz MA Melott JM,韦克菲尔德C,曾庆红J,温斯坦约,Meric-Bernstam F,米尔斯GB,陈K。精密基因组注释器可变定向耦合器:多层次的变体。Nat方法12 (11):1002 - 2015。PMID: 26513549。
      17. 陈K赵,Meric-Bernstam F, H,张问,Ezzeddine N,唐LY,气Y,毛Y,陈T,庄Z,周W,郑X,约翰逊,Aldape KD, Routbort MJ, Luthra R, Kopetz年代,戴维斯,de Groot J,腐朽,Vinod R, Farhangfar CJ,肖公里,Mendelsohn J,米尔斯GB, Eterovic正义与发展党。临床可控诉的情形增强通过深度测序目标的实体肿瘤。化学61 (3):544 - 2015。e-Pub 2015。PMID: 25626406。
      18. 周W,赵H,庄Z,马克RJ Eterovic AK, Meric-Bernstam F,陈K。ClinSeK:有针对性的变异特征框架临床测序。基因组医学7 (1):2015。e-Pub 2015。PMID: 25918555。
      19. 莱伊丁L, T,拉森德,米勒,Koboldt,韦尔奇JS, Ritchey JK,年轻的马,lamprech T, McLellan医学博士McMichael摩根富林明,沃利斯J,陆C,沈D,哈里斯CC, Dooling DJ,富尔顿RS,富尔顿?陈K,施密特H, Kalicki-Veizer J, Magrini V,库克L,麦格拉思SD,维克瑞TL,邓文迪MC,希思年代,沃森,链接,Tomasson MH,香农WD,佩顿我,Kulkarni年代,韦斯特维尔特介绍P,沃尔特·乔丹Graubert助教,狂欢节E,威尔逊R和Dipersio摩根富林明。克隆进化复发急性髓系白血病揭示了全基因组测序。大自然481年,2012年。e-Pub 2012。PMID: 22237025。
      20. 米尔斯,沃尔特·K·斯图尔特C, Handsaker再保险公司陈KAlkan C, Abyzov Yoon SC,你们K, Cheetham RK, Chinwalla,康拉德DF,傅Y, Grubert F, Hajirasouliha我Hormozdiari F, Iakoucheva LM,伊克巴尔Z,康,基德JM, Konkel可,Korn J, Khurana E, Kural D, Lam HY,愣J,李R,李Y,林CY,罗R,μXJ, Nemesh J, Peckham他Rausch T,规模,X, Stromberg MP, unix,城市AE,沃克是的,吴J,张Y,张ZD, Batzer马叮L,马斯GT, McVean G, Sebat J,斯奈德M,王J, K,为EE,格斯坦MB,赫里斯我,李C, McCarroll SA戈倍尔乔,1000人基因工程。映射拷贝数变异的人口规模的基因组测序。自然470 (7332):59 - 65,2011。PMID: 21293372。
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