可用的软件
以下是生物信息学和计算生物学系提供的软件和服务。这些工具的版权归德克萨斯大学安德森癌症中心和帮助开发它们的癌症中心员工个人所有。它们可以免费供个人在研究项目中使用;188bet体育网址然而，任何希望在商业项目中使用它们或修改它们的人应联系技术商业化办公室．特色的软件
所有的软件
- BM-Map
一个强大的生物信息学软件工具，用于细化下一代测序(NGS)读取映射
- 分解
异质性肿瘤样本中SVs的BreakDown基因分型
- BreakFusion
从RNA-seq数据中识别基因融合的计算管道。
- BreakTrans
BreakTrans将基因融合映射到癌细胞的基因组结构中
- CanDrA
CanDrA是一种计算机程序，可以预测癌症类型特定的驱动错义突变
- 剪辑
通过惩罚成对差异的克隆结构鉴定
- DeMixT
利用RNAseq或微阵列平台的表达数据，对含有两种或三种成分的异质性肿瘤样本进行细胞类型特异性反褶积
- drugBase
drugBase提供了一个RESTful接口，用于drug-target相互作用的数据库。
- DyCE
DyCE是一个服务器，可以让远程用户访问高级计算建模和分析工具，并直接在浏览器中查看分析结果。
- 估计
利用基因表达数据预测肿瘤纯度和肿瘤组织中浸润性间质/免疫细胞的存在的工具。
- Famdenovo
利用家族史数据估计种系突变为新生突变的概率。
- FamSeq
FamSeq是一个计算工具，用于计算基于家族的测序数据中的变异概率。
- FASMIC
FASMIC是一个以实验为基础的癌症体细胞突变功能影响的综合数据库。
- GeneClust
GeneClust是一种用于基因表达芯片数据探索性分析的工具。可用的实现包括用于安装在机器上的S-plus和R包，以及用于浏览器内分析较小数据集的Javascript版本。
- geneSmash
geneSmash是一个混合各种来源的人类基因信息，包括NCBI Entrez基因FTP网站，UCSC基因组浏览器，miRBase和从制造商网站提取的人类基因表达阵列注释。使用geneSmash
- IdeogramViewer
一种用于查看人类染色体上基因的位置和注释的交互式工具。
- LFSPRO
TP53突变是李-弗美妮综合征的主要病因。该包的设计目的是根据咨询者的家族癌症史来估计其是TP53突变携带者的概率。我们还在包中包括了LFS经典和Chompret标准。
- MBatch
R包帮助评估和纠正批处理效果。
- MD安德森细胞系项目(MCLP)
MCLP为获取、可视化和分析癌细胞系的功能蛋白质组学提供了一个全面的资源。
- 缪斯女神
下一代测序数据中肿瘤正常配对样本的体细胞点突变调用者。
- 下一代(集群)热图(NG-CHM)
可缩放的(聚集的)热图，链接到统计信息，数据库和其他相关分析。这是该软件的第2版，具有更快、更动态的界面和一个用于构建ng - chm的工具星系生物信息学平台。
- 通路网络
一个开放使用的集成API路径，基因，定向基因相互作用，基因本体与来源数据版本控制。
- RDriver
关联多组数据准确预测癌症的驱动突变
- Ribo-TISH
Ribo-seq数据驱动的翻译起始位点
- 三美
SAMMI (Semi-Automated Metabolic Map Illustrator)是一款基于网络的可视化代谢网络和相关数据的工具。
- 样本大小
一种计算用于微阵列实验中检测表达变化所需样本数量的工具。（使用样本大小）
- 脚本的脚本
SoS通晓多种语言的笔记本和SoS工作流引擎，一个用于交互数据分析和批处理的多语言环境。
- SpliceSeq
用于研究下一代mRNA序列数据中替代mRNA剪接的工具
- Subclonal重建
通过惩罚成对差异的克隆结构鉴定
- SuperCurve
SuperCurve是一个与OOMPA捆绑的独立软件包，提供了反相蛋白阵列分析工具。
- SurvNet
该服务提供了一个生物信息学web应用程序，用于识别与患者生存数据最相关的基于网络的生物标志物。使用SurvNet．
- SWAKK
该服务提供了一个生物信息学web应用程序，使用滑动窗口替代率分析阳性选择蛋白质。使用SWAKK．
- TCGA批处理效果
癌症基因组图谱(TCGA)项目利用不同的测序中心和技术，从不同的组织来源获取数据集，研究不同类型的癌症。数据集有时会有偏差，这取决于它来自的批次。TCGA批处理效果工具提供不同TCGA数据集的预计算图形注释，允许用户筛选数据集中的批处理偏差。
- TCGA SpliceSeq
TCGA SpliceSeq分析了33种不同肿瘤类型的数千个TCGA癌症样本中mRNA的替代剪接。可以查询、图形化显示和下载所有基因的所有可能剪接事件值中的剪接百分比。
- 癌症中非编码RNA图谱(TANRIC)
一个用于交互探索癌症中lncrna的开放获取资源。
- 癌症线粒体图谱(TCMA)
存取，可视化，和分析癌症线粒体基因组数据的综合资源。
- 癌症蛋白质组图谱(TCPA)
为存取，可视化，和分析癌症功能蛋白质组的一个综合资源。
- 可变定向耦合器
TransVar是遗传元素和遗传变异的多途径注释器。