大鼠在基因组赛德人上由马丁krzywinski提供

RATB：报告和分析模板构建器，第1/2部分

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标题模板

uposencyhead.rnw.rnw	此RNW文件包含所有报告的标准前缀。这包括\ DocumentClass和\ begin {document}命令。它建立了一些标准的防御性和选项，创建一个子目录来存储数字，并列出所需的执行摘要部分。包括结构化执行摘要（或扩展摘要）的重点是使生物学家更容易解释报告。
minimalhead.rnw	此RNW文件包含最小的乳胶标头。这包括\ documentclass和\ begin {document}命令，几乎没有别的。你真的不想使用这个标题;它只存在测试报表模板构建器的一些功能。

主要处理模板

预处理或质量控制

donothing.rnw.	此最小的RNW文件不包含乳胶标记。您可能只想使用此文件才能利用标题和拖车产生的标准布局。
bundle.rnw.	我们的大多数分析例程假设其输入来自二进制RDATA文件，其中包含数字数据矩阵和示例信息数据帧。虽然我们的平台特定于平台的QC处理脚本产生了这些类型的文件，但它通常可以直接从类似的数据源开始。此脚本将两个选项卡分隔值（tsv）文件捆绑在一起rdata文件。
affyprocessqc.rnw.	此RNW文件包含处理标准（小）Affymetrix基因表达式数据集的代码，包括一套质量控制（QC）措施。
AgilentExpression.rnw.	此RNW文件包含处理标准（小）Agilent 44K基因表达数据集的代码，包括一套质量控制（QC）措施。
lumiexpression.rnw.	此RNW文件包含处理标准（小）Illumina基因表达数据集的代码，包括一套质量控制（QC）措施。
exiqonmicrorna.rnw	此RNW文件包含要处理EXIQON MicroRNA数据集的代码，包括一套质量控制（QC）措施。
rppaprocess.rnw.	此RNW文件包含要处理RPPA数据集的代码。

分析

两个群体.rnw.	该RNW文件包含执行简单的双组比较的代码，基于β-均匀的混合物（BUM）模型估计，基于假发现速率（FDR）进行多次测试的校正。
unsupervised.rnw.	此RNW文件包含一个无监督的分析，查找高度剩余的数据集中的示例群集。
onewayanova.rnw.	该RNW文件包含对多组（超过两个）执行简单比较的代码，其基于由β-均匀的混合物（BUM）模型估计的假发现速率（FDR）进行多次测试的校正。

拖车模板

Universaltail.rnw.	此RNW文件包含标准附录，该附录显示当前工作目录和R会话信息。它与\结束{document}命令结束。
limalate.rnw.	此RNW文件包含最短可能的预告片：\ end {document}命令。你几乎肯定不想使用这个预告片。